在不斷的研究古代遺跡跟解鎖神獸的途中，塞爾達公主與林克的關系也重歸于好，并且開始關心林克詢問他為什么也一直沉默寡言。
而通過交談，塞爾達公主也知道了。
原來林克是因為自己已經是被大師劍承認的勇者而倍感壓力，決定沉默寡言不將情感輕易表露于外。
這時候塞爾達公主這時才覺得他與自己竟是如此相像。
不過一旁粗線條的達爾克爾，卻把公主口中的如此相像，理解為了喜歡吃的東西一樣。
并且揭露出了林克的一個設定，那就是林克是個大胃王，什么都吃什么都能吃。
而這也為后面留下了一段珍貴的回憶，這也是整個游戲劇情中為數不多溫馨的畫面。
前往海拉魯王國城堡附近，這時候塞爾達已經知道林克是個大胃王了，于是她拿起手中的青蛙，要林克表演吞下去。
在一番慷慨陳詞，敘述吞青蛙對海拉魯有多少幫助跟貢獻時。
可以看到塞爾達公主低頭抿嘴時，臉上帶著一絲壞笑，流露出本該屬于她這個年紀的活潑可愛。
在這里塞爾達公主與林克開心地玩鬧，畢竟此時兩人已是知道彼此秘密十分要好的朋友了。
當然除了這溫馨的一幕，在這里還提及了貫穿游戲始終的植物：靜謐公主。
這種花美麗而脆弱，雖然塞爾達公主努力研究，可是似乎仍無法避免它滅絕的命運。
可在游戲中當玩家前往塞爾達公主的研究室中，就會發現一朵美麗的靜謐公主，堅強而不合時宜地開放在這里，宛若獨自在城堡中對抗蓋農的塞爾達公主。
但快樂也只是短暫的，很快塞爾達陷入了悲傷地情緒，因為塞爾達的壓力不僅僅源于自己，同樣還來源于家庭。
國王稱塞爾達將精力投入在古物之上，是不務正業。
可只有塞爾達明白，無論她怎么努力，封印之力始終沒有辦法覺醒，所以她才開始研究古代遺跡來打敗蓋儂。
而四神獸與四英杰的出現，同樣也來源于塞爾達公主的努力，但即便如此皇宮內那些大臣還是充滿閑言碎語，稱塞爾達是不學無術的公主。
不過較為諷刺的是在之后玩家們能夠得到兩種菜譜，根據說明能夠得知。
喜歡水果蛋糕的塞爾達公主，是因為這個菜譜吃了之后會令頭腦清明，有利于研究古物。
而大臣們喜歡的則是用怪物精華制作的怪物蛋糕，因為吃完了以后會頭腦混沌，精力充沛。
但最終她所做的也都是徒勞，蓋儂復活了，殺死了四英杰和國王。
海拉魯王國似乎還是不可避免的走向了滅亡。
而這個時候的塞爾達依舊沒有覺醒封印之力。
‘都是我的錯，都是因為我無法覺醒封印之力……所以才讓本該用來對付蓋儂的古物被奪走。’
‘我……至今所做的一切……沒有起到任何的幫助，是我把所有人都害死了！害死了國民，害死了同伴……害死了父親……’
從城堡中林克護衛著塞爾達逃了出來，森林中磅礴的大雨拍打在塞爾達慟哭的背影上。
林克一路帶著塞爾達公主，在守護者的重重包圍下。
從海拉魯平原，穿越雙子山，一路殺到了卡卡利科村附近。
但一路上的戰斗已經讓林克重傷力竭，最終當守護者搜尋到兩人的蹤跡，決定以激光毀滅林克時。仿佛是上天給塞爾達開了個玩笑，在這幾乎是失去了一切的情況下，封印之力覺醒了。
不過在這絕望之際，塞爾達公主發現林克仍有一息尚存，破損的大師劍中精靈的聲音指導塞爾達公主，如何保全林克的性命。
于是這時候的塞爾達做出了清醒的判斷，安排趕來的希卡族人帶著希卡之石將林克安頓至復蘇神廟。自己則聽從大師劍的指引，回到森林之中將其重新插回臺座。
塞爾達堅信，蘇醒后的林克即使失去了全部記憶，仍然會來到這里，重新找到大師之劍。
而她自己則一個人重新朝著海拉魯城堡前進，去與蓋儂繼續戰斗。
直到林克蘇醒。
一開始很多玩家都覺得塞爾達就是個推進劇情工具人而已。
公主？有什么好救的？
一百年都過去了，再等等唄。
可當玩家找尋到這些遺失的記憶，感受到塞爾達的努力跟無奈后。
所有玩家就只有一個念頭，我要打爆蓋儂的狗頭！我一定要救出塞爾達！