建文二年，命李景隆為平燕將軍，充總兵官。
明成祖即位，命何福佩征虜將軍印，充總兵官。
洪熙元年二月，始頒將軍印在諸邊將，其中有總兵4人，參將4人。
但鎮守薊鎮的總兵不得稱將軍掛印。
總兵官成為鎮守地方的最高軍事長官后，改變了練兵將領不指揮作戰，指揮作戰的將領不管練兵的問題，有利提高軍隊的戰斗力，形成事權專一的局面，但也存在著總兵稱霸一方、擁兵自重的可能。
為維護中央集權，再有戰爭時，朝廷又要往下派員，稱為巡撫，參與軍隊管理，削弱總兵官的權力。開始巡撫只為臨時性的工作，后來才成定職，常駐地方。
這樣一來，不僅原來的都指揮使司、布政使司、按察使司要受其節制，就連總兵官也要聽其指揮。
袁可立《奏登師出海之期疏》：“乃拔其尤者三千六百人，俾總兵沈有容領之先發，而副將李性忠所帶家丁舊系遼左健士，臣于三月十二日餞而送之，囑以相機進止以固榆關，以聯毛帥。”
總兵官之下，還設有副總兵、參將、游擊將軍，游擊之下還有坐營官、守備、把總、提調官等。
嘉靖二十九年，革團營官廳，仍并三大營，改三千曰神樞，因為騎兵居于陣三區的第二區，類似中樞，設副、參、游、佐、坐營、號頭、中軍、千把總等官。
這里的千總是千夫長副職的意思，副將、參將、游擊各1000兵，設兩個千總為副職各帶500兵，把總帶100兵。
五軍營：戰兵一營，左副將一，分管半數7000兵；戰兵二營，練勇參將一；車兵三營，參將一；車兵四營，游擊將軍一人，10萬軍戶4萬5千兵募兵，3000對應1000兵；城守五營，佐擊將軍一；戰兵六營，右副將一人，分管半數7000兵；戰兵七營，練勇參將一；車兵八營，參將一；車兵九營，游擊將軍一；城守十營，佐擊將軍一；備兵坐營官一，大號頭官一。
監鎗號頭官一，中軍官十一，隨征千總四，隨營千總二十，選鋒把總八，把總一百三十八。
總共14600兵。
神樞營：戰兵一營，左副將一；戰兵二營，練勇參將一；車兵三營，參將一；車兵四營，游擊將軍一；城守五營，佐擊將軍一；戰兵六營，右副將一；車兵七營，練勇參將一；執事八營，參將一；城守九營，佐擊將軍一；城守十營，佐擊將軍一；備兵坐營官一，大號頭官一。
監鎗號頭官一，中軍官十一，千總二十，選鋒把總六，把總一百五十七。
總共16300兵。
神機營：戰兵一營，左副將一；戰兵二營，練勇參將一；車兵三營，游擊將軍一；車兵四營，佐擊將軍一；城守五營，佐擊將軍一；戰兵六營，右副將一；車兵七營，練勇參將一；城守八營，佐擊將軍一；城守九營，佐擊將軍一；城守十營，佐擊將軍一；備兵坐營官一，大號頭官一。
監鎗號頭官一，中軍官十一，千總二十，選鋒把總六，把總一百二十八。
總共14400兵。
通計三大營，共五百八十六員。
統以提督總兵官一員。已，改提督曰總督，鑄總督京營戎政印，俾仇鸞佩之。