臨走時李大同意了韓復舉的“種子計劃”，并讓他全權負責此事，需要什么直接找趙俊彥。
之所以讓他負責，主要是這項計劃太敏感，不好對外人明言，交給其他人負責，容易讓執行者會錯意，到那時效果肯定會打折扣，倒不如直接讓韓復舉來，再說這項計劃并不涉及軍政、民政、財政，交給他李大還是比較放心的。
十日后，大員宣撫使司下屬的幕府正式成立了，這個幕府就是軍政大吏的府署，其主要功能為：置備顧問、咨議謀劃、參與決策、掌握機要、典屬文書，乃至迎接賓客、經辦庶務或代主巡行出使等，其中尤以參議決策和掌握機要為重。
大員宣撫使司幕府下轄：
招募司，負責招募流民；
屯墾司，負責屯田；
后勤司，這個部門類似于后勤大總管的角色；
建造司，負責道路、橋梁、房屋、工坊的建設；
教化司，前身是趙俊彥的教育司，現負責大員的整個教化工作；
規劃司，現今規劃司的重心已然放在了婆羅洲那里；
財政司，自然就是負責整個大員的財政嘍，可以毫不夸張的說，財政司乃幕府第一司；
巡防司，負責大員的治安工作，仍是集公檢法司權力于一身；
糾察司，前身為情報司，只不過情報二字太惹眼，所以改為糾察司；
吏幕司，這個部門是新組建的，職能相當于朝廷的吏部，負責吏員的升遷任免；
商務司，這個部門也是新成立的，職能是主官大員的整個商事，八閩商行也被納入其中，因為體量的原因，商務司設有5位主事，分別為李二、王立誠、趙大寶、何老三、謝慶，其中李二為大主事，總管商務司中的一切事物。
各司主事都是沿用之前的人選，說白了，就是之前飛魚幫的那套班子換了一個名稱而已，所有部門名正言順地走到臺前。
幕府的設立并未引起任何波瀾，一切照舊。
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