里面就有著主角制止三只被稱為神的圣鳥毀滅世界的環節。
三只圣鳥被瘋狂科學家捕捉，導致全球的天氣失控，環境失去了平衡，世界危在旦夕。
為了拿到供奉在三座小島神廟上的圣物，緩解三只圣鳥的情緒，拯救世界的故事。
不過，在這個劇場版里面的主角，是海之守護則洛奇亞，洛奇亞統領著傳說中的鳥寶可夢，當它們發生爭斗時，洛奇亞是唯一一只能夠鎮壓無休止爭斗的寶可夢。
和三圣鳥相像，洛奇亞具有控制天氣的能力，可以創造和平息風暴。
據說洛奇亞的翅膀輕微震動，能夠引起摧毀峭壁的颶風，當洛奇亞扇動翅膀時，會引起長達四十天的風暴。
洛奇亞富有指揮，由于其強大的能力和巨大的影響力，洛奇亞獨自沉睡在海溝中。
不過，現在的信息還是太少了，李愿也不再思考剛剛的事情，畢竟，之前的白若霜也曾經說果，未來是會改變的，就算是看到了未來的片段，也會因為大家不同的選擇導致走向不一樣的未來。
“沙奈朵，如果還有看到什么未來的話，一定要告訴我哦。”李愿提醒著沙奈朵。
沙奈朵回答著“那是當然，訓練家。”
“訓練家，我感覺到，瑪麗露要回來了。”沙奈朵繼續說著。
果然，很快，月亮湖里就鉆出了一個個的可愛的頭。
露力麗，瑪麗露和瑪力露麗。
瑪麗露帶著自己的族人們排著隊走到了李愿的身邊。
李愿對著其中最大的那只瑪力露麗說著“瑪力露麗，這一次來我們是和你道別的，我們之后就要離開甬城了，下一次來的時候不知道是多久之后了，所以，特地來和你道別。”
瑪力露麗聽完李愿的話，咕嚕咕嚕的回應著。
沙奈朵為李愿翻譯著“尊敬的妖精使者，非常感謝您在離開之前還特地來見我們，我們也知道，你們和我們不一樣，我們會在一個地方出生，成長，最后，死亡。但是你們會走過許許多多的地方，見識許許多多不同的人類和精靈。把妖精的光輝揮灑到更多的地方。”
“雖然我們無法跟著您一起去，不過，如果有需要我們的時候，不要吝惜，我們永遠會在這里等著您的。而且，之前受到過妖精圣物的光芒照耀過的我們，和妖精圣物之間也有了特殊的聯系，即使隔得再遠，我們也能感知到妖精圣物的狀態。我們會在這里為你們祈禱。”
聽著沙奈朵翻譯的瑪力露麗的話，李愿有一些感動。
妖精圣物指的應該就是妖精玉了，而那個特殊的聯系，李愿之前就聽奇魯莉安說過，受到了妖精玉恩惠的妖精屬性的精靈，會和妖精玉之間出現特殊的聯系的。
“瑪力露麗，我之前聽你提到過，你們族群和月亮湖的另外兩個族群中的霸王花一族的關系要好一些，但是和大食花一族的關系僵硬一些是吧。”李愿問著瑪力露麗。
瑪力露麗疑惑的回答著“是的，請問您問這個是什么意思”
“現在沙奈朵突破到了資深級別，在沙奈朵的幫助下，應該可以幫你教訓一下大食花，希望這樣可以讓你們族群在月亮湖生存的好一些。”李愿解釋著原因。
聽到李愿的話，瑪力露麗開心的豎起了耳朵，它確實感覺到了沙奈朵很強，甚至比它還要強大，有沙奈朵的幫助，確實能夠擊敗那只大食花，給那只大食花一些教訓了。，，