元代十三科為大方脈、雜醫、小方脈、風、產、眼、口齒、咽喉、正骨、金瘡腫、針灸、祝由、禁。
明代十三科為大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、咽喉、傷寒、接骨、金鏃、按摩、
祝由。
1571年，明代的十三科改為十一科，增設了痘疹科，改瘡瘍為外科，接骨為正骨，去金鏃、祝由與按摩等科。
在具體的醫療實踐中，每一種科目各有側重
1、大方脈專門治療成年人疾病。大體相當于現在的內科。宋代十三科中即有此科，后沿用至清。
2、小方脈專門治療小兒疾病。相當于現代的小兒科。宋、元、明、清代的太醫院均設小方脈。
3、正骨元代十三科之一，明代時更名為接骨科。為專門治療骨關節外傷性疾患的臨床分科。
4、風科宋代始設風科，元代醫學分為十三科，風科是其中之一，專門診治各種風病，實際上是大方脈的一個分支。宋、元強調風邪在治病諸因素中的重要性，因而獨立設科。
5、口齒科唐代包括于耳目口齒科內，宋代十一科中有口齒咽喉科，元明醫學十三科中口齒科獨立為一科。
6、產科元代十三科之一，專門治療婦女疾病，相當于現在的婦產科。
7、雜醫科元代十三科之一，專門治療雜病的學科。
8、眼科唐以前眼科包括于耳目口齒科中，宋代始設眼科。其后元、明、清均沿此設立眼科。
9、咽喉科唐宋及以前均混入耳目口齒科，元代醫學“十三科“始獨立設有咽喉科，明代亦沿此獨立設科。
10、金瘡腫科多屬戰傷救治的專門學科。周代稱金瘍，為瘍醫科治療內容之一。宋代設金鏃兼書禁科。元代始設金瘡腫科，明代設金鏃科。由于其治療對象多為箭、劍、刀等武器的創傷，故名。
11、針灸科針灸療法由來已久，隋唐始設為專門的科目，宋有針兼灸科，元、明代均設有針灸科。
12、祝由科用符咒禳病者為“祝由科”。
13、禁科自唐代始設醫學各科起，便設有禁科。此后歷朝歷代醫學分科多有增、減變化，大多均設禁科或并入金鏃書禁科。直至清中葉改十一科為九科時方取消禁科。禁科系以咒禁、畫符、祝由等各種非醫學方式以期治療疾病的一類方法。
14、婦人科明太醫院十三科之一，專門治療婦女疾病的學科，相當于現代婦產科。
15、瘡瘍科明代設立的太醫院十三科之一。專門治療腫瘍、潰瘍、金刃所傷等外科疾患。相當于
現代醫學中外科及皮膚科的治療范圍。
16、傷寒科明代太醫院共設十三科，傷寒為其中之一，是專門治療外感疾患的，類似于現代內科中設置的某些專科。
17、按摩科明代設立的太醫院十三科之一。此后按摩一直獨立設科，作為一種重要的醫療保健手段沿用至今。
由此可見，中醫是一個多么龐大而系統的綜合學科，自古以來就是非常講究群體優勢，而不是現代人心目中那種私人小醫館式的小診所，也不是那些掛羊頭賣狗肉的中西醫結合中醫院。
中醫守護華夏數千年，從一枝獨秀，到身陷困境的蛻變。中醫的歷史，要從遠古時期講起。，祖先們在尋找食物的過程中，逐漸發現了一些能消除病痛的食物。