天下百姓紛紛響應；黃巾軍縱火燒毀郡縣府衙，殺害當地長官。朝廷派遣車騎將軍皇甫嵩、中郎將朱儁領兵前去討伐。朱儁
上表請求任命孫堅為佐軍司馬，協助自己討伐黃巾軍。
當時隨從孫堅在下邳縣的同鄉年輕人，都愿意繼續追隨他。孫堅在各個商旅之中招募勇士，
又在淮水、泗水一帶招募士兵，得到千余人。孫堅率部與朱儁合兵一處，并力奮擊黃巾軍，
叛軍不能阻擋。汝水、潁水一帶的黃巾軍被迫無奈，只好逃到宛城（今河南省南陽市境內）死守。
孫堅率兵獨當一面，登上城墻率先攻進城內，隨后大軍趕到，將叛軍打得大敗。朱儁將作戰情況上報給朝廷，孫堅因功升任別部司馬。
先前，邊章、韓遂在涼州作亂，朝廷派中郎將董卓率軍前往討伐，卻無功而返。中平三年（公元186年），
朝廷派司空張溫代理車騎將軍職務，率大軍西征討伐邊章等人。張溫上表請求派孫堅做自己的軍事參謀，
大軍駐扎在長安。張溫拿出皇帝詔書征召董卓，董卓卻拖了很久才來拜見張溫，張溫指責董卓怠慢，
董卓回答應對時言語很不恭順。當時孫堅在坐，走上前去對張溫耳語，建議他以董卓應召進見不守時為由，誅殺董卓。
張溫認為董卓在西涼素來很有威名，如果殺了他，軍隊在西涼就沒有依靠。孫堅再次勸諫，
認為張溫親率大軍西征，不需要依附董卓；孫堅列舉董卓的三條罪狀：其一為藐視上級，
其二為征討叛軍不盡力，其三為應召拖延，態度傲慢；孫堅又拿司馬穰苴[
斬殺莊賈、魏絳處死揚干兩件事舉例，建議張溫誅殺董卓立威。張溫還是沒有行動，孫堅只得起身離開。
邊章、韓遂等人聽說朝廷大軍前來征討，部下紛紛逃跑離散，請求投降。
大軍撤回后，朝臣議論認為軍隊并未與敵人交鋒，所以不進行封賞。
但是朝臣們聽說孫堅曾列舉董卓的三條罪狀，多次勸諫張溫誅殺董卓，無不贊嘆，于是朝廷任命孫堅為議郎。
中平四年（公元187年）十月，長沙郡賊首區星自稱將軍，聚眾萬余人叛亂，四處攻打城池。
朝廷任命孫堅為長沙郡太守，孫堅到任后，確定平叛的戰略計策，親自率領將士經過一個月的討伐，
擊潰叛軍。又有周朝在零陵郡起兵反叛，郭石在桂陽郡起兵反叛，與區星互相呼應。孫堅于是率部跨過郡縣的邊界前往征討，
平定叛亂，讓長沙、零陵、桂陽三個郡縣的秩序恢復平靜。朝廷追評孫堅前后的功勞，封他為烏程侯。
漢靈帝駕崩，董卓專權擅勢，在京城任意橫行。漢獻帝初平元年（公元190年），后將軍袁術、
冀州牧韓馥、渤海太守袁紹、陳留太守張邈、奮武將軍曹操等人紛紛舉義兵討伐董卓，推舉袁紹為盟主，
孫堅也在長沙舉兵響應。荊州刺史王叡素來對孫堅無禮，孫堅帶兵經過時，把王叡
孫堅率部抵達南陽（今河南省南陽市），他部下已經有幾萬人馬。南陽郡太守張咨聽說大軍到達后，
若無其事并不重視。孫堅就以牛和酒作為禮物送給張咨，次日張咨也帶著禮物來回訪。孫堅擺酒招待，
酒至半酣，長沙主簿進來告訴孫堅，此前曾發公文給南陽郡讓他們準備迎接大軍，現在道路沒有修好，
軍糧物資也沒有備辦，建議逮捕南陽郡主簿問罪。張咨聽了很恐懼，就要起身離開，但周圍都是看守的士兵，
無法出去。不一會兒，主簿又來報告，認為南陽郡太守故意貽誤軍情，論罪當誅。孫堅于是立即將張咨拖到軍營大門斬首，南陽郡內官民震恐，不敢再怠慢孫堅的要求。
孫堅率軍抵達魯陽（今河南省魯山縣），與后將軍袁術相見。袁術上表朝廷，推舉孫堅為破虜將軍，兼任豫州刺史。
孫堅就在魯陽城里駐扎，訓練士卒。等到進軍討伐董卓的時候，孫堅派遣部下長史公仇稱，