事情發展的飛快，自六月下旬張鈞被緝拿下獄的消息公布之后，短短十余日，御史臺審刑院便完成了證據搜集，審訊錄供，量刑上報的全部過程。由于那份分成協議的證據太過確鑿，張鈞也毫無抵賴的可能，只能招供這樁罪行。然而，在其他名目的罪證上，即便三位副使都已經招供指控，但因為并無人證物證，卻根本無法定罪。
即便如此，對于嚴正肅和方敦孺而言，一項以職權謀取私利，一項御下不力這兩項罪名已經足夠將張鈞擊倒。這已經達到了預期的目的。而嚴正肅和方敦孺也已經來不及在這樁案子上細究下去了，他們還有更重要的事情要推進。
七月初五，郭沖頒布圣旨，對于御史臺和審刑院對三司衙門貪腐瀆職一案做出了證據和罪行的確認，并給出了最終的宣判。三司使張鈞以權謀私利，御下不力的罪名降職為七品，發配嶺南道小縣任職，罰沒其受賄財產五十萬兩，其余所有加銜閑職一律一擼到底。三司衙門鹽鐵副使任道遠、度支副使黃乾元以欺上瞞下，妄動權職，貪腐成性，瀆職亂行，擾亂朝政，辜負皇恩等十余項罪名被判處死刑，羈押大牢秋后問斬。兩人家產抄沒充公，妻妾子女流放西北苦寒之地牧馬放羊。三司衙門戶部使林伯年本和其余兩位副使是一樣的罪名，但因為他舉報有功，有悔過之意，故而皇恩浩蕩，法外施恩，故給予免去林伯年死刑，貶為庶人，罰沒家產，并對其所在的杭州林家罰銀兩百萬兩。
除了這四位主官之外，此案所牽連的人員也自不少。光是三司衙門內部，中下層的官員便有十幾名入罪。朝中官員也牽扯了幾人，張鈞之弟張逸本已經升任了杭州知府。但因為參與其兄和林家的交易往來，充當其兄長的幫兇，也被降職三級，從一個四品大員變成了七品小官。和他兄長一樣成了難兄難弟。倘若不是郭沖不允許再牽扯更多的人，決定適可而止，劃掉了不少有著千絲萬縷的利益關聯的名字，那么這個名單還要多個一倍有余。
圣旨一下，滿朝文武終于松了一口氣。很多人暗自慶幸事情沒有牽扯上自己，懸了多日的心也終于落下。也有人額手稱慶，因為他們早就看不慣三司衙門這幫人的作為了，早就憋了一肚子火。也有人對這個判決的結果表示疑問。
張鈞身為主官，手下一窩人瀆職貪污，他自己也是個以權謀錢之人，怎么也不可能只是被人欺瞞而已，他必是參與其中了。卻只叛的這么輕。本來很多人以為張鈞這次必死的，但他卻還是保住了命，而且還依舊是個七品官，這實在是讓人難以理解。
那林伯年便更奇怪了，其余兩位副使都被判處斬首的極刑，但他卻保住了命。說什么舉報有功，他公開那份分成合約不也是給他自己加了一項罪名么這算哪門子功勞難道他不該招供此事不成雖說被罰沒了家產貶為庶人，但可比掉腦袋要幸運的多了。
很多人暗中臆測，他們都認為林伯年的判決必有徇私的成分。人人都知道方敦孺是新科狀元林覺的老師，而林伯年是林覺得伯父，在案件開始的時候，有人便預測方敦孺不會下死手。從現在的情況來看，確然如此。一定是方敦孺手下留情了。
當然，對于絕大多數的官員而言，這件案子他們關心的點不在上述那些方面，他們所關注的在于此案所帶來的深層次的預兆。很明顯，嚴正肅和方敦孺已經得勢力，已經再不能不拿他們當回事了。三司衙門連鍋端，這是何等的作為皇上的許可正是對他們的支持，這兩人已經正式成為朝中一派新的勢力了。而且其風頭之勁，沖擊之強，讓人不得不認真的加以面對。
總而言之，這件大案引發了諸多的波瀾，無論在明面上還是在暗地里，在人心之中，都給予朝野上下極大的震撼。升平百余年來，大周朝朝野之中也確實發生過一些大事，但像這種連朝廷最高衙門之一連鍋端的情形絕無僅有。
近幾十年來，朝野上下全部陷入了一種人人得過且過追求奢靡享受的氛圍之中，沒有人去想自己該不該這么做，是否盡到了自己的本分，是否堅守了自己為官的初心。這件事就像一個驚雷在大周的上空炸響，驚醒了昏昏欲睡的官員們，也讓他們意識到，驚雷之后烏云滾滾，風暴來襲的前兆。很多人開始隱匿銷毀證據，很多人開始惶惶不安，暗中商討對策，更有不少人在此案之后開始反省自己的作為，將一顆蟄伏許久的心也變得蠢蠢欲動起來。