此時，他已經具備了改寫程序的權限，輕松秒殺了周比利。
在電影的結尾，他還學會了飛行。
劇情來到第二部，在矩陣中覺醒六個月后，楊葉和林清霞等人一起在現實世界的最后一座人類城市瀛洲生活著。
他們不斷進入矩陣，解放更多的人類，楊葉也因此被瀛洲中的部分民眾當做神來崇拜。
楊葉睡覺時總是夢見林清霞被特工追殺，并從高樓摔下去，為此心神不寧。
兩人還在電影中上演了一段床戲，不過沒有露點。
林清霞是跟楊葉搭戲最多的女演員，在《終結者1》、《終結者2》、《笑傲江湖之東方不敗》中，他們都是男女主角，可謂是默契十足。
此時，人類收到消息，機器帝國派遣了二十五萬哨兵進攻瀛洲，人類決定集結所有力量，進行抵抗。
為了結束戰爭，楊葉前往矩陣去見先知。
先知是矩陣中一個可以預言未來的程序，就是她告知人類，會有一個救世主來解救他們。
人類相信了先知的話，千方百計找到了楊葉，而楊葉上第一部中覺醒了力量，使得人類相信，他就是救世主。
逼逼了半天，開始打架。
楊葉見到了先知的保鏢李聯杰，兩人立刻開始了一番精彩的打斗。
楊葉和李聯杰是這個世界上武術動作最好看的兩個人，他們的這一段打斗，是經過了精心的編排的。
在原版中這場打斗中，基努和鄒兆龍的武功水平差距太大了，鄒兆龍有十年的武術功底，而基努是個剛開始練功的菜鳥。
為了讓兩個人打出相同的水平，袁和平費盡了心思，最后的效果也只能算馬馬虎虎。
現在換成楊葉和李聯杰來打，那就不可同日而語了。
兩人各種精彩絕倫的招數和動作層出不窮，看起來賞心悅目，叫人過目難忘。
一番交戰，不分勝負，李聯杰承認楊葉是救世主，帶他去見先知。
先知聲稱楊葉已經有了預知的能力，并要他去找一個叫開鎖人的程序。
通過開鎖人可以進入源頭，即機器帝國的源代碼，救世主進入源頭，戰爭就會結束。
先知說完，就溜了。此時，在第一部中被楊葉秒殺了的周比利追了過來。
在第一部的結尾，他明明已經被楊葉炸成了碎片，怎么又活過來了呢
原來，在第一部中周比利先殺死了楊葉，理應是楊葉先被矩陣刪除。
結果楊葉卻復活了過來，反殺了周比利。
這就等于說是周比利被楊葉這個已經被他殺死的人殺死了。
這就形成了一個bug！
而一切都按照方程式嚴格運作的矩陣無法處理這種bug。
也就導致了周比利變成了一個無法被系統判定的程序。
周比利不但拒絕被系統刪除，而且由原來的殺毒軟件變成了病毒。
他可以通過不斷感染其他程序，將其變為自己，來無限制地復制自己。
這套理論對于后世的觀眾來說，司空見慣，沒什么稀奇的。
但在1995年，是非常新穎，非常前衛，非常有趣的。
1984年才出現將可自我復制的程序稱為病毒的論文，1987年才出現第一款殺毒軟件cafee。而楊葉在《黑客帝國》中創造出一個虛擬的世界，將殺毒軟件，病毒全部擬人化，可以說非常有創意了。
接下來就是楊葉以一對百的大戰，道理講得再好，故事編得再精彩，也不如一場酣暢淋漓的動作戲來得過癮。
在第一部中，周比利頂著一張菱角分明的臉，戴著墨鏡，活脫一個機器人模型。