當楊葉（尼奧）剛剛被解救出來的時候，狄龍（墨菲斯）告訴了他世界的真相。
人類文明早已毀滅，他從前不過是生活在一個虛擬的矩陣之中。
現在的人類，不過是機器人種植的作物。
而機器人種植人類，是為了利用人體生物電作為能源。
一個活生生的人，在機器人的眼里，不過是一節電池而已。
這讓狄龍感到忿怒，所以他一定要反抗。
現在楊葉知道了，狄龍所謂的真相，不過是一個叫“先知”程序為覺醒的人類編織的謊言而已。
機器人并不是簡單地拿人類當燃料用，那也太浪費了。
機器人設計矩陣，是為了研究人類文明，幫助機器文明進化。
從矩陣中逃出來的人，以為自己生活在自由世界。
其實他們所在的“瀛洲”，并不是什么人類反抗機器帝國的基地。
不過是機器人為了維護矩陣的穩定，給他們造出來的而已。
機器人把不安分的人類聚集在瀛洲，為他們編織了一個救世主的謊言。
讓他們不要過度反抗，而寄希望于救世主的拯救。
一旦人類的數量達到可以威脅機器帝國的地步，機器帝國就派遣機器人大軍，消滅瀛洲中的人類。
而所謂的救世主，實際上就是矩陣中無數個系統異常的集合。
設計師無法清除它，于是就把它作為一個幫助矩陣升級的工具。
一旦救世主出現，就意味著系統該升級了，而瀛洲也要被摧毀了。
在楊葉出現之前，矩陣已經迭代了五次。
也就是說，瀛洲中的人類，已經被毀滅了五次。
楊葉這一次，是第六次。
先知讓楊葉進入源頭，是讓為了讓他幫助矩陣升級。
作為回報，他可以從矩陣中帶走16女7男，重建瀛洲。
為什么是16女7男呢這是可以保證人類后代基因的最小數量。
如果楊葉不配合的話，那么矩陣就會毀滅，矩陣中所有的人類都會死亡，瀛洲照樣會被機器人大軍摧毀。
這就意味著，人類從此滅亡，大家同歸于盡。
楊葉看似可以拒絕，實際上無從拒絕。
機器帝國看似給了他選擇的權利，事實上他根本無從選擇。
這一點，相信很多人都有親身的體驗，從小到大，多少都有過“被自愿”的經歷。
在楊葉之前的五代“救世主”，都表現了強烈的慈悲心。
他們都選擇了為了人類的延續而犧牲自己，幫助矩陣升級。
并從矩陣中挑選一批人帶到真實世界，等機器軍隊毀滅瀛洲后，重新建造瀛洲，讓人類得以延續。
但是楊葉和之前的五代不太一樣，他除了繼承了前幾代的能力和任務以外，還表現出了另外一種情感……愛！
在第一部中，他因為林清霞的一個吻而復活，他是靠“愛情”覺醒了力量。
他最終做出了五位前任不一樣的選擇：返回矩陣，救出受到特工追殺，已經深陷危機的愛人。
這意味著……人類即將滅亡！
……
林清霞在《黑客帝國2》中的戲份非常吃重，有超多拉風的鏡頭。
在高速公路追逐戰中，她騎著摩托車一路狂飆，看得無數觀眾目眩神迷。