第741章又黑越南人
楊葉被困的時候，林清霞、狄龍、李聯杰組成的三人小隊也在想方設法救人。
經過一番令觀眾眼繚亂的戰斗之后，林清霞出現在車站，和楊葉緊緊相擁。
隨后，楊葉進入矩陣世界，去見先知，詢問更多的真相。
先知告訴楊葉，救世主其實是誕生于機器帝國源代碼的程序。
他的權限并不僅限于矩陣這個機器帝國的子系統，而是超越了矩陣，把整個機器帝國都包含在了它的權限范圍內。
因此，楊葉即使是在真實世界之中，也可以通過源代碼間接向屬于機器帝國的機器發送指令，從而感知這些機器，并干涉其行動。
在矩陣之中，先知和架構師是對立的存在，架構師負責維持平衡，而先知負責打亂平衡。
另一方面，在第一部中被楊葉摧毀的特工周比利，已經變成了一個超級病毒。
他正在不斷地感染各個程序，將他們變成自己，他的目標是摧毀一切。
如果不阻止他，人類世界和機器世界都將被他毀滅。
與此同時，機器人大軍已經逼近人類基地瀛洲，準備毀滅此地的人類。
人類自然不會屈服，奮力反擊，和機器大軍殊死一搏。
但人類終究不是機器人的對手，他們把最后的希望都寄托在楊葉身上。
為了拯救人類，楊葉和林清霞決定駕駛飛船，前往機器帝國。
但是，周比利感染了一個進入矩陣中的人類，借助這個人類的身體，通過網線來到了人類世界。
周比利陰了楊葉一把，燒毀了楊葉的眼睛。
好在，此時的楊葉即使在真實世界，也可以連接源代碼，感知一切機器世界的組成部分。
所以，即使眼睛瞎了，他仍舊可以感知到周比利的存在，成功將其擊殺。
但這只是周比利的一個分身而已，他還有無數個分身。
楊葉和林清霞繼續前往機器城，結果遭到機器帝國防御系統的攔截。
剎那之間，數千門機器大炮同時發射，無數的機器炸彈朝著楊葉和林清霞的飛船飛了過來。
楊葉卻通過向源代碼發出自毀信號，命令這些機器炸彈全部自爆。
只見楊葉十分拉風地伸出一只手掌，那些飛向他們的機器炸彈紛紛爆炸。
剎那之間，整個電影畫面上，放起了燦爛的煙。
楊葉和林清霞的飛船就在這煙中極速穿行，有一種驚心動魄的美感。
但數量實在太多了，除了機器炸彈，還有無數的機器人，楊葉無法將其全部摧毀。
于是，他們駕駛飛船沖出了云層。
在第一部中講過，云層是人類為了對付機器而制造的，里面有強烈的電磁場。
磁場會導致機器失靈，跟著飛船沖上來的機器人因此全部癱瘓。
在云層上空，林清霞第一次見到了真正的太陽。
她驚嘆這景色的壯美，然而，他們的飛船也癱瘓了。
癱瘓的飛船從云層之上極速墜落，林清霞不幸慘死。
兩人生離死別，你愛我，我愛你一番之后，楊葉獨自抵達了機器之城，見到了機器帝國的最高統治者機器大帝。
楊葉告訴機器大帝：周比利那個超級病毒已經強大到了機器無法控制的地步，很快他就會從矩陣中出來入侵整個機器帝國。
到時候所有機器都會被周比利占據，機器帝國將因此毀滅，而只有自己才有能力消滅周比利。
他給機器大帝提出了兩個選擇：讓自己進入矩陣，幫助它消滅周比利。