在追尋薩菲羅斯之前，克勞德也跟眾人講述了他跟薩菲羅斯之間的恩怨。
在5年前克勞德曾經跟薩菲羅斯一同來到了自己的故鄉尼布爾海姆，為的是調查尼布爾山里的魔晄爐。
回到自己的故鄉克勞德有些感慨，跟薩菲羅斯進行著談話，但薩菲羅斯卻閉口不談自己的故鄉，當被問及父母的時候，薩菲羅斯也只是回復到：我的母親是杰諾瓦，生下我后就死了。
而在前往魔咣爐的時候，克勞德聘請了村子里的居民作為向導，當時被聘請的就是蒂法。
在出發前蒂法、克勞德薩菲羅斯還一起拍了紀念照片。
“好像有點問題啊！蒂法的表情有些不對勁？”
正在直播后續劇情的陳旭，瞬間捕捉到了一個在他看來很關鍵的地方。
伴隨著克勞德講述這其中的故事，旁邊的蒂法露出了欲言欲止的表情。
有故事！
看見這個表情的瞬間，陳旭就意識到了。
在前往魔晄爐的途中，一行發現了被魔晄能量侵蝕的地點，還產生了天然的魔石。
魔石原來是由生命之流凝聚而成，在當中還封有古代種的知識。
到達了魔晄爐后，為了保證機密信息，蒂法和一名神羅士兵留在了外面，而薩菲羅斯和克勞德進入了設施里面。
調查完有問題的地方進行了修復后，克勞德發現在魔晄爐周圍羅列著充滿了魔晄液體的卵型培養倉。
而在倉里都是化為了怪物的人型生物，驚訝的克勞德說這可能是怪物的雛形，神羅暗地里通過使用魔晄能量大量的制造各種怪物。
但薩菲羅斯則發現了其中的關聯，神羅戰士本身是通過讓人體接受大量的魔晄輻射而產生的，也就是說神羅戰士和怪物也沒什么區別。
那神羅戰士中最強的薩菲羅斯，以及其他的一級特種兵，是不是已經不是人類了呢？
失蹤的杰內西斯是不是也發現了什么？
這一瞬間薩菲羅斯突然變的憤怒了起來，在回到尼布爾海姆村后，薩菲羅斯來到了村子郊外的神羅別墅，發瘋似的不斷留下來的研究資料。
然后某一天神羅士兵向克勞德說薩菲羅斯的樣子不太對，急忙趕到別墅最底層的克勞德看到了薩菲羅斯。
這個時候的薩菲羅斯跟以前一樣冷靜，但卻給人一種十分壓抑的感覺，隨后薩菲羅斯走出了別墅，開始了一場屠殺。
而蒂法的父親也是被殺害了的村民之一，同時蒂法自己也被薩菲羅斯所砍倒。
一個人如果瘋狂，要么是他失去了理智，要么是他絕對的冷靜，顯然薩菲羅斯是后者。
在幾十年前，冰河地區的冰層里挖掘了一名女性遺體出來。
研究人員稱之為杰諾瓦，并帶到了尼布爾海姆村進行研究，研究人員認為這名女性就是很久以前滅亡了的古代種。
而為了能夠利用古代種的能力，研究人員開始了杰諾瓦計劃，而成果就是薩菲羅斯。
就如同一個人的信念被摧毀了一樣，如果是一般的人這個時候或許會震驚猶豫，又或者因為自己的膽魄無法做出某種決定。
但薩菲羅斯不同，被稱為大英雄的他毫無疑問擁有著強大的責任感，并且足夠的冷靜，冷靜到他清楚的了解一切。
薩菲羅斯認為既然自己身為人類的身份被剝奪了，自己的母親是杰諾瓦是古代種，而星球原本的主人就是古代種，人類只不過是之后出現霸占的種族而已。
那么身為最后的古代種，薩菲羅斯認為自己有這個責任，去將星球重新奪回，
一路緊追薩菲羅斯的克勞德進入到了山里魔咣爐的內部，在之后的事情克勞德就不記得了，但是他清楚自己是不可能在薩非羅斯的刀下活過來的。
而后來，他聽說薩非羅斯死了，可現在顯然薩菲羅斯還好好的活著。