如果讓船教在南方聯軍的地盤傳開，被當地人接受，李彼得就要面對數以萬計的狂熱教徒，付出巨大的損失。他當機立斷，顧不上休整部隊，消化戰果，全力對南方聯軍發起進攻，誓要在船教這顆毒瘤擴散開之前，統一西大陸。
為了阻止船教的擴散，李彼得開始在己方控制區宣傳船教的害處，讓人們遠離船教，但是地方的控制區他就管不到了。無奈之下，他只能打到哪兒，宣傳到哪兒。
到了后來，他不但宣傳船教的害處，還鼓勵民眾舉報船教信徒，成功舉報一人，就能得到5000元樂園幣的獎金。在獎金的誘惑下，人們開始四處搜捕船教信徒。凡是敢宣講或是傳播船教教義的人，全部會被當場逮捕，扭送到駐防部隊或是附近的野戰部隊去。
不過由于擴張速度太快，駐防部隊和野戰部隊嚴重不足，宣傳和抓捕的效果越來越差。到了2044年6月，新占領的地區已經開始出現船教教徒暴動。對此，李彼得毫無辦法，只能哪里暴動就鎮壓哪里，能抓多少人就抓多少人。
船教和南方聯軍的同盟，無法改變南方聯軍滅亡的命運。這是因為李彼得的進攻速度太快，海運又太費時間，而且需要港口，還需要再進行陸路運輸。
李彼得早已經針對這一情況，派部隊優先占領或摧毀南方聯軍的港口，讓船教沒法把裝備送過來。就算有裝備送過來，運輸隊也會遭到北方軍空軍的打擊。這就導致南方聯軍補充裝備的速度大大減慢，根本頂不住北方軍的兇猛攻勢。
到了2045年8月，南方聯軍已經不剩幾塊地盤。部隊倒是還有三四十萬，但大部分都在深山老林里和北方軍打游擊。因為得不到后勤支援，這種游擊戰根本持續不了多久。
仗打到現在，西大陸可以說是大局已定。然而李彼得想要徹底統一西大陸，還需要不少的時間。最大的問題還是南方地區的船教徒，這群瘋子潛伏在人群之中，暗中宣講船教教義，等教徒聚集到一定規模，就開始在當地搞破壞，制造恐慌，然后把責任全部推到北方軍身上，順勢拉攏更多的人入教。
滲透到北方的船教間諜也是個大問題。從2045年7月開始，船教就開始往北方輸送小股的特種部隊。他們在間諜的配合下，四處破壞，在后方造成了很大的混亂。
除了派特種部隊對付船教的特種部隊，并不斷加大對船教的打擊力度之外，李彼得已經想不到任何辦法。
按照李彼得本來的計劃，在擊敗南方聯軍之后，他就能得到南方聯軍的艦船。有了足夠艦船，他就有了跨洋作戰的能力。只要籌劃兩到三年，他就能進軍東大陸。
然而因為船教的加入，南方聯軍在戰敗前，其海軍已經被船教盡數接收，北方軍一艘船也沒撈到。北方軍現在海軍貧弱，無法執行跨洋作戰。
發展海軍是需要時間的，在船教不斷搗亂的情況下，想要把海軍發展起來不是件容易的事。所以現在李彼得只能全力清剿西大陸上的船教徒，在穩定了內部局勢之后再作打算。</p>