朱燮元建議他啟用袁崇煥，但福建的問題又不是換一個巡撫、換一個總兵就能夠解決的，需要調兵遣將、需要造船、需要錢糧的啊！要么就下定決心，做好要花費幾年的時間，預計上千萬兩白銀的投資，落力去干死鄭芝龍；要不然就只能兜兜轉轉繞回去，繼續詔安了。
可惜現在的局勢愈發緊迫了，等皇太極收拾完察哈爾蒙古，就要來折騰大明了。遼東就在京師家門口，孰輕孰重很容易就分清，所以壓根就不能在鄭芝龍身上投注過多的關注。
敲定由秦良玉替換下她的兒子馬祥麟之后，朱由檢就開始跟她東拉西扯，聊起了家常。不過秦良玉明顯不是很關心生活，聊著聊著，又跑偏到了軍事方面。
秦良玉的一生之痛，除了其丈夫枉死獄中，就那場無比慘烈的渾河血戰了，兄弟殉國、士卒盡歿，也是這一戰讓秦良玉跟野豬皮結下了血海深仇。所以既然皇帝想留她在京師，以后肯定還會跟建奴碰上的，報仇心切的她并不排斥皇帝的任命，只是她不打算將讓兒子涉險罷了，可憐天下父母心。
“陛下容稟。當年渾河之戰，川兵、浙兵與遼兵互無統屬，客軍與本地軍馬矛盾深重，此乃大敗之根由。臣觀陛下即位以來，于軍事一途尤為上心，簡拔將領、銓選總督皆具慧眼，舉措并無失當。
然戰陣之上，若令出多門、諸將各自為戰，加之戰場消息真偽難辨、情報系統闕如，此等根本之弊若不除，我大明與建奴對敵時，恐仍難脫敗局啊！”秦良玉面色沉重地說道。
朱由檢重重點頭，說道：“大明兵制之弊，朕心下亦有數。然此制行之有年，上下皆已習以為常，朕縱欲更張，竟一時不知從何處著手啊！朝廷每逢大戰，例設總督之職。朕且問你：若單設總督，不遣經略與監軍太監與之相制，你道能扭轉局面么？”
秦良玉點了點頭又搖了搖頭，說道：“陛下圣明！若大戰之前簡拔唯一統帥，賜以尚方寶劍，使其威權莫御、軍令通行，應當可以使得戰局大為改觀。然微臣以為，此策仍有不足之處。
蓋因總督標營多不過數千之眾，總兵親兵亦罕逾三千之數，余者皆各有主將統屬。戰事若順遂，則諸軍尚可聽令前驅；一旦戰局膠著、鋒芒受挫，那些旁系將卒便難免心懷觀望，或避戰自保，或臨陣叛逃。縱然后日按律嚴懲，卻已誤了戰機、折了銳氣，于大局又有何補益哉？”
“陛下，臣妾心里有了一些想法。”孫世綰突然開口說道。秦良玉見狀微微皺眉，不過隨著孫世綰緩緩說出自己的想法以后，秦良玉的眉毛又緩緩舒展了開來，反倒是有些驚訝于此女小小年紀竟然能夠有如此見識。
孫世綰說道：“陛下、秦將軍：方才所言兵制之弊，總歸是規制過繁、令出不暢，是也不是？既如此，何不學那建奴兵制？其制不過三級，簡明利落，300人編作1牛錄，5牛錄成其1甲喇，5甲喇則為1固山。”
“綰綰啊，你卻忒過天真啦。那老奴原是咱大明敕封的龍虎將軍，他那兵制本就是學的咱大明。咱大明衛所原也分三級，112人為一百戶所，1128人為一千戶所，5600人為一衛，每衛設指揮使一員。
只如今咱大明衛所早糜爛得不成樣子，衛所兵十有八九不堪用。目下兵制之所以混亂，實因募兵、衛所、家丁、夷兵混雜一處，各有統屬，政令難出。